TY - JOUR AU - Lomer, M. C. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dietary and nutritional considerations for inflammatory bowel disease JO - Proc Nutr Soc VL - 70 UR - https://doi.org/10.1017/S0029665111000097 DO - 10.1017/S0029665111000097 ID - Lomer2011 ER - TY - JOUR AU - Jaeger, S. AU - Stange, E. F. AU - Wehkamp, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Inflammatory bowel disease: an impaired barrier disease JO - Langenbecks Arch Surg VL - 398 UR - https://doi.org/10.1007/s00423-012-1030-9 DO - 10.1007/s00423-012-1030-9 ID - Jaeger2013 ER - TY - JOUR AU - Wilson, J. AU - Hair, C. AU - Knight, R. AU - Catto-Smith, A. AU - Bell, S. AU - Kamm, M. AU - Desmond, P. AU - McNeil, J. AU - Connell, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - High incidence of inflammatory bowel disease in Australia: a prospective population-based Australian incidence study JO - Inflamm Bowel Dis VL - 16 UR - https://doi.org/10.1002/ibd.21209 DO - 10.1002/ibd.21209 ID - Wilson2010 ER - TY - JOUR AU - Morrison, G. AU - Headon, B. AU - Gibson, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Update in inflammatory bowel disease JO - Aust Fam Physician VL - 38 ID - Morrison2009 ER - TY - JOUR AU - Proal, A. D. AU - Albert, P. J. AU - Marshall, T. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - The human microbiome and autoimmunity JO - Curr Opin Rheumatol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1097/BOR.0b013e32835cedbf DO - 10.1097/BOR.0b013e32835cedbf ID - Proal2013 ER - TY - JOUR AU - Backhed, F. AU - Ley, R. E. AU - Sonnenburg, J. L. AU - Peterson, D. A. AU - Gordon, J. I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Host-bacterial mutualism in the human intestine JO - Science (New York, NY) VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1104816 DO - 10.1126/science.1104816 ID - Backhed2005 ER - TY - JOUR AU - Vipperla, K. AU - O’Keefe, S. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Microbiota and Its Metabolites in Colonic Mucosal Health and Cancer Risk JO - Nutr Clin Pract VL - 27 UR - https://doi.org/10.1177/0884533612452012 DO - 10.1177/0884533612452012 ID - Vipperla2012 ER - TY - JOUR AU - Cheluvappa, R. AU - Luo, A. S. AU - Grimm, M. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Autophagy suppression by appendicitis and appendectomy protects against colitis JO - Inflamm Bowel Dis VL - 20 UR - https://doi.org/10.1097/MIB.0000000000000034 DO - 10.1097/MIB.0000000000000034 ID - Cheluvappa2014 ER - TY - JOUR AU - Brown, K. AU - DeCoffe, D. AU - Molcan, E. AU - Gibson, D. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Diet-Induced Dysbiosis of the Intestinal Microbiota and the Effects on Immunity and Disease JO - Nutrients VL - 4 UR - https://doi.org/10.3390/nu4081095 DO - 10.3390/nu4081095 ID - Brown2012 ER - TY - JOUR AU - Sartor, R. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Therapeutic manipulation of the enteric microflora in inflammatory bowel diseases: antibiotics, probiotics, and prebiotics JO - Gastroenterology VL - 126 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2004.03.024 DO - 10.1053/j.gastro.2004.03.024 ID - Sartor2004 ER - TY - JOUR AU - Kostic, A. D. AU - Howitt, M. R. AU - Garrett, W. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Exploring host-microbiota interactions in animal models and humans JO - Genes Dev VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gad.212522.112 DO - 10.1101/gad.212522.112 ID - Kostic2013 ER - TY - JOUR AU - Eri, R. D. AU - Adams, R. J. AU - Tran, T. V. AU - Tong, H. AU - Das, I. AU - Roche, D. K. AU - Oancea, I. AU - Png, C. W. AU - Jeffery, P. L. AU - Radford-Smith, G. L. AU - Cook, M. C. AU - Florin, T. H. AU - McGuckin, M. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - An intestinal epithelial defect conferring ER stress results in inflammation involving both innate and adaptive immunity JO - Mucosal Immunol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/mi.2010.74 DO - 10.1038/mi.2010.74 ID - Eri2011 ER - TY - JOUR AU - McGuckin, M. A. AU - Eri, R. D. AU - Das, I. AU - Lourie, R. AU - Florin, T. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - ER stress and the unfolded protein response in intestinal inflammation JO - Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol VL - 298 UR - https://doi.org/10.1152/ajpgi.00063.2010 DO - 10.1152/ajpgi.00063.2010 ID - McGuckin2010 ER - TY - JOUR AU - Heazlewood, C. K. AU - Cook, M. C. AU - Eri, R. AU - Price, G. R. AU - Tauro, S. B. AU - Taupin, D. AU - Thornton, D. J. AU - Png, C. W. AU - Crockford, T. L. AU - Cornall, R. J. AU - Adams, R. AU - Kato, M. AU - Nelms, K. A. AU - Hong, N. A. AU - Florin, T. H. AU - Goodnow, C. C. AU - McGuckin, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Aberrant mucin assembly in mice causes endoplasmic reticulum stress and spontaneous inflammation resembling ulcerative colitis JO - PLoS Med VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0050054 DO - 10.1371/journal.pmed.0050054 ID - Heazlewood2008 ER - TY - JOUR AU - Koutroubakis, I. E. AU - Vlachonikolis, I. G. AU - Kouroumalis, E. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Role of appendicitis and appendectomy in the pathogenesis of ulcerative colitis: a critical review JO - Inflamm Bowel Dis VL - 8 UR - https://doi.org/10.1097/00054725-200207000-00007 DO - 10.1097/00054725-200207000-00007 ID - Koutroubakis2002 ER - TY - JOUR AU - Cheluvappa, R. AU - Luo, A. S. AU - Grimm, M. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - T helper type 17 pathway suppression by appendicitis and appendectomy protects against colitis JO - Clin Exp Immunol VL - 175 UR - https://doi.org/10.1111/cei.12237 DO - 10.1111/cei.12237 ID - Cheluvappa2014 ER - TY - JOUR AU - Mizoguchi, A. AU - Mizoguchi, E. AU - Chiba, C. AU - Bhan, A. K. PY - 1996 DA - 1996// TI - Role of appendix in the development of inflammatory bowel disease in TCR-alpha mutant mice JO - J Exp Med VL - 184 UR - https://doi.org/10.1084/jem.184.2.707 DO - 10.1084/jem.184.2.707 ID - Mizoguchi1996 ER - TY - JOUR AU - Matsushita, M. AU - Takakuwa, H. AU - Matsubayashi, Y. AU - Nishio, A. AU - Ikehara, S. AU - Okazaki, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Appendix is a priming site in the development of ulcerative colitis JO - World J Gastroenterol VL - 11 ID - Matsushita2005 ER - TY - JOUR AU - Krieglstein, C. F. AU - Cerwinka, W. H. AU - Laroux, F. S. AU - Grisham, M. B. AU - Schurmann, G. AU - Bruwer, M. AU - Granger, D. N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Role of appendix and spleen in experimental colitis JO - J Surg Res VL - 101 UR - https://doi.org/10.1006/jsre.2001.6223 DO - 10.1006/jsre.2001.6223 ID - Krieglstein2001 ER - TY - JOUR AU - Suau, A. AU - Bonnet, R. AU - Sutren, M. AU - Godon, J. J. AU - Gibson, G. R. AU - Collins, M. D. AU - Dore, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Direct analysis of genes encoding 16S rRNA from complex communities reveals many novel molecular species within the human gut JO - Appl Environ Microbiol VL - 65 ID - Suau1999 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Handelsman, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Metagenomics for studying unculturable microorganisms: cutting the Gordian knot JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-8-229 DO - 10.1186/gb-2005-6-8-229 ID - Schloss2005 ER - TY - JOUR AU - Frank, D. N. AU - Pace, N. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gastrointestinal microbiology enters the metagenomics era JO - Curr Opin Gastroenterol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1097/MOG.0b013e3282f2b0e8 DO - 10.1097/MOG.0b013e3282f2b0e8 ID - Frank2008 ER - TY - JOUR AU - Langille, M. G. I. AU - Zaneveld, J. AU - Caporaso, J. G. AU - McDonald, D. AU - Knights, D. AU - Reyes, J. A. AU - Clemente, J. C. AU - Burkepile, D. E. AU - Thurber, R. L. V. AU - Knight, R. AU - Beiko, R. G. AU - Huttenhower, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2676 DO - 10.1038/nbt.2676 ID - Langille2013 ER - TY - JOUR AU - Fite, A. AU - Macfarlane, S. AU - Furrie, E. AU - Bahrami, B. AU - Cummings, J. H. AU - Steinke, D. T. AU - Macfarlane, G. T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Longitudinal Analyses of Gut Mucosal Microbiotas in Ulcerative Colitis in Relation to Patient Age and Disease Severity and Duration JO - J Clin Microbiol VL - 51 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.02574-12 DO - 10.1128/JCM.02574-12 ID - Fite2013 ER - TY - JOUR AU - Gophna, U. AU - Sommerfeld, K. AU - Gophna, S. AU - Doolittle, W. F. AU - van Zanten, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Inerences between tissue-associated intestinal microfloras of patients with Crohn’s disease and ulcerative colitis JO - J Clin Microbiol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01004-06 DO - 10.1128/JCM.01004-06 ID - Gophna2006 ER - TY - JOUR AU - Frank, D. N. AU - Amand, A. L. S. AU - Feldman, R. A. AU - Boedeker, E. C. AU - Harpaz, N. AU - Pace, N. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular-phylogenetic characterization of microbial community imbalances in human inflammatory bowel diseases JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0706625104 DO - 10.1073/pnas.0706625104 ID - Frank2007 ER - TY - JOUR AU - Lepage, P. AU - Hasler, R. AU - Spehlmann, M. E. AU - Rehman, A. AU - Zvirbliene, A. AU - Begun, A. AU - Ott, S. AU - Kupcinskas, L. AU - Dore, J. AU - Raedler, A. AU - Schreiber, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Twin Study Indicates Loss of Interaction Between Microbiota and Mucosa of Patients With Ulcerative Colitis JO - Gastroenterology VL - 141 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2011.04.011 DO - 10.1053/j.gastro.2011.04.011 ID - Lepage2011 ER - TY - JOUR AU - Fava, F. AU - Danese, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Intestinal microbiota in inflammatory bowel disease: friend of foe? JO - World J Gastroenterol VL - 17 UR - https://doi.org/10.3748/wjg.v17.i5.557 DO - 10.3748/wjg.v17.i5.557 ID - Fava2011 ER - TY - JOUR AU - Lathrop, S. K. AU - Bloom, S. M. AU - Rao, S. M. AU - Nutsch, K. AU - Lio, C. W. AU - Santacruz, N. AU - Peterson, D. A. AU - Stappenbeck, T. S. AU - Hsieh, C. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Peripheral education of the immune system by colonic commensal microbiota JO - Nature VL - 478 UR - https://doi.org/10.1038/nature10434 DO - 10.1038/nature10434 ID - Lathrop2011 ER - TY - JOUR AU - Mazmanian, S. K. AU - Round, J. L. AU - Kasper, D. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - A microbial symbiosis factor prevents intestinal inflammatory disease JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature07008 DO - 10.1038/nature07008 ID - Mazmanian2008 ER - TY - JOUR AU - Mukhopadhya, I. AU - Hansen, R. AU - El-Omar, E. M. AU - Hold, G. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - IBD-what role do Proteobacteria play? JO - Nat Rev Gastroenterol Hepatol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrgastro.2012.14 DO - 10.1038/nrgastro.2012.14 ID - Mukhopadhya2012 ER - TY - JOUR AU - Loubinoux, J. AU - Bronowicki, J. P. AU - Pereira, I. A. AU - Mougenel, J. L. AU - Faou, A. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Sulfate-reducing bacteria in human feces and their association with inflammatory bowel diseases JO - FEMS Microbiol Ecol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2002.tb00942.x DO - 10.1111/j.1574-6941.2002.tb00942.x ID - Loubinoux2002 ER - TY - JOUR AU - Pitcher, M. C. AU - Cummings, J. H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Hydrogen sulphide: a bacterial toxin in ulcerative colitis? JO - Gut VL - 39 UR - https://doi.org/10.1136/gut.39.1.1 DO - 10.1136/gut.39.1.1 ID - Pitcher1996 ER - TY - JOUR AU - Pitcher, M. C. AU - Beatty, E. R. AU - Cummings, J. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - The contribution of sulphate reducing bacteria and 5-aminosalicylic acid to faecal sulphide in patients with ulcerative colitis JO - Gut VL - 46 UR - https://doi.org/10.1136/gut.46.1.64 DO - 10.1136/gut.46.1.64 ID - Pitcher2000 ER - TY - JOUR AU - Thomson, J. M. AU - Hansen, R. AU - Berry, S. H. AU - Hope, M. E. AU - Murray, G. I. AU - Mukhopadhya, I. AU - McLean, M. H. AU - Shen, Z. AU - Fox, J. G. AU - El-Omar, E. AU - Hold, G. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Enterohepatic helicobacter in ulcerative colitis: potential pathogenic entities? JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017184 DO - 10.1371/journal.pone.0017184 ID - Thomson2011 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Day, A. AU - McKenzie, G. AU - Mitchell, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Nongastric Helicobacter species detected in the intestinal tract of children JO - J Clin Microbiol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.02017-05 DO - 10.1128/JCM.02017-05 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Maukonen, J. AU - Simoes, C. AU - Saarela, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - The currently used commercial DNA-extraction methods give different results of clostridial and actinobacterial populations derived from human fecal samples JO - FEMS Microbiol Ecol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2011.01257.x DO - 10.1111/j.1574-6941.2011.01257.x ID - Maukonen2012 ER - TY - JOUR AU - Ariefdjohan, M. W. AU - Savaiano, D. A. AU - Nakatsu, C. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of DNA extraction kits for PCR-DGGE analysis of human intestinal microbial communities from fecal specimens JO - Nutr J VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1475-2891-9-23 DO - 10.1186/1475-2891-9-23 ID - Ariefdjohan2010 ER - TY - JOUR AU - Claassen, S. AU - du Toit, E. AU - Kaba, M. AU - Moodley, C. AU - Zar, H. J. AU - Nicol, M. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples JO - J Microbiol Methods VL - 94 UR - https://doi.org/10.1016/j.mimet.2013.05.008 DO - 10.1016/j.mimet.2013.05.008 ID - Claassen2013 ER - TY - JOUR AU - Li, E. AU - Hamm, C. M. AU - Gulati, A. S. AU - Sartor, R. B. AU - Chen, H. AU - Wu, X. AU - Zhang, T. AU - Rohlf, F. J. AU - Zhu, W. AU - Gu, C. AU - Robertson, C. E. AU - Pace, N. R. AU - Boedeker, E. C. AU - Harpaz, N. AU - Yuan, J. AU - Weinstock, G. M. AU - Sodergren, E. AU - Frank, D. N. PY - 2012 DA - 2012// TI - nflammatory Bowel Diseases Phenotype, C. difficile and NOD2 Genotype Are Associated with Shifts in Human Ileum Associated Microbial Composition JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0026284 DO - 10.1371/journal.pone.0026284 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Van der Sluis, M. AU - De Koning, B. A. AU - De Bruijn, A. C. AU - Velcich, A. AU - Meijerink, J. P. AU - Van Goudoever, J. B. AU - Buller, H. A. AU - Dekker, J. AU - Van Seuningen, I. AU - Renes, I. B. AU - Einerhand, A. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Muc2-deficient mice spontaneously develop colitis, indicating that MUC2 is critical for colonic protection JO - Gastroenterology VL - 131 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2006.04.020 DO - 10.1053/j.gastro.2006.04.020 ID - Van der Sluis2006 ER - TY - JOUR AU - Nagalingam, N. A. AU - Lynch, S. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Role of the microbiota in inflammatory bowel diseases JO - Inflamm Bowel Dis VL - 18 UR - https://doi.org/10.1002/ibd.21866 DO - 10.1002/ibd.21866 ID - Nagalingam2012 ER - TY - JOUR AU - Landy, J. AU - Al-Hassi, H. O. AU - McLaughlin, S. D. AU - Walker, A. W. AU - Ciclitira, P. J. AU - Nicholls, R. J. AU - Clark, S. K. AU - Hart, A. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Review article: faecal transplantation therapy for gastrointestinal disease JO - Aliment Pharmacol Ther VL - 34 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2036.2011.04737.x DO - 10.1111/j.1365-2036.2011.04737.x ID - Landy2011 ER - TY - JOUR AU - Merchant, R. AU - Mower, W. R. AU - Ourian, A. AU - Abrahamian, F. M. AU - Moran, G. J. AU - Krishnadasan, A. AU - Talan, D. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Association Between Appendectomy and Clostridium difficile Infection JO - J clinical Med Res VL - 4 ID - Merchant2012 ER - TY - JOUR AU - Sanders, N. L. AU - Bollinger, R. R. AU - Lee, R. AU - Thomas, S. AU - Parker, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Appendectomy and Clostridium difficile colitis: Relationships revealed by clinical observations and immunology JO - World J Gastroenterol VL - 19 UR - https://doi.org/10.3748/wjg.v19.i34.5607 DO - 10.3748/wjg.v19.i34.5607 ID - Sanders2013 ER - TY - JOUR AU - Kommedal, O. AU - Simmon, K. AU - Karaca, D. AU - Langeland, N. AU - Wiker, H. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dual priming oligonucleotides for broad-range amplification of the bacterial 16S rRNA gene directly from human clinical specimens JO - J Clin Microbiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.06269-11 DO - 10.1128/JCM.06269-11 ID - Kommedal2012 ER - TY - JOUR AU - Goecks, J. AU - Nekrutenko, A. AU - Taylor, J. AU - Galaxy, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-8-r86 DO - 10.1186/gb-2010-11-8-r86 ID - Goecks2010 ER - TY - JOUR AU - Kasokovsky Pond, S. AU - Wadhawan, S. AU - Chiaromonte, F. AU - Ananda, G. AU - Chung, W. AU - Taylor, J. AU - Nekrutenko, A. AU - Galaxy, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Windshield splatter analysis with thye Galaxy metagenomic pipeline JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.094508.109 DO - 10.1101/gr.094508.109 ID - Kasokovsky Pond2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Schwartz, S. AU - Wagner, L. AU - Miller, W. PY - 2000 DA - 2000// TI - A greedy algorithm for aligning DNA sequences JO - J Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/10665270050081478 DO - 10.1089/10665270050081478 ID - Zhang2000 ER -