Skip to main content

Table 4 Association between virulence genes and ethnic groups

From: Helicobacter pylori virulence genes in the five largest islands of Indonesia

Virulence genes Papuan Batak Buginese Javanese Chinese Dayak Floresnese
Number of strain 9 16 5 2 7 2 3
cagA positive 100 % 100 % 100 % 100 % 100 % 100 % 66.7 %
cagA type*
 East-Asian-type-cagA 11.1 % 100.0 % 40.0 % 0.0 % 71.4 % 0.0 % 100.0 %
 Western-type-cagA 11.1 % 0.0 % 60.0 % 50.0 % 28.6 % 100.0 % 0.0 %
 ABB type 77.8 % 0.0 % 0.0 % 50.0 % 0.0 % 0.0 % 0.0 %
Predominant pre-EPIYA cagA type (%)* 18-bp deletion (88.9 %) 6-bp deletion (100.0 %) No deletion (60.0 %) No deletion (50.0 %) 39-bp deletion (28.6 %) No deletion (100.0 %) 18-bp deletion (50.0 %)
vacA m2 (%)* 0.0 % 37.5 % 40.0 % 0.0 % 42.9 % 0.0 % 66.7 %
iceA1 genotype (%) 88.9 % 62.5 % 60.0 % 50.0 % 42.9 % 50.0 % 33.3 %
Double positive jhp0562/β-(1,3)galT (%)* 33.3 % 87.5 % 40.0 % 50.0 % 71.4 % 50.0 % 66.7 %
oipA “on” (%)* 77.8 % 100.0 % 100.0 % 100.0 % 100.0 % 50.0 % 66.7 %
dupA negative (%) 100.0 % 100.0 % 100.0 % 100.0 % 85.7 % 100.0 % 33.3 %
  1. * P < 0.05