Skip to main content

Table 5 The primers used for detecting virulence factors of H. pylori

From: Helicobacter pylori virulence genes in the five largest islands of Indonesia

Genes

Primer sequences (5′ → 3′)

PCR product (bp)

PCR conditions

cagA

ACC CTA GTC GGT AAT GGG

521

94 °C, 1 min; 52 °C, 1 min; 72 °C, 1 min (35 cycles)

GCT TTA GCT TCT GAY ACY GCa

vacA

  

94 °C, 1 min; 52 °C, 1 min; 72 °C, 1 min (35 cycles)

 s1/s2

ATG GAA ATA CAA CAA ACA CAC

259/268

CTG CTT GAA TGC GCC AAA C

 m1/m2

CAA TCT GTC CAA TCA AGC GAG

567/642

GCG TCA AAA TAA TTC CAA GG

oipA

CCA TGA AAA AAG CTC TCT TAC T

430

94 °C, 30 s; 50 °C, 30 s; 72 °C, 30 s (25 cycles)

GCC CTT TTA CCC TTC GTT CAA C

iceA

  

94 °C, 1 min; 56 °C, 1 min; 72 °C, 1 min (30 cycles)

 iceA1

GTG TTT TTA ACC AAA GTA TC

247

CTA TAG CCA STY TCT TTG CA

 iceA2

GTT GGG TAT ATC ACA ATT TAT

229

TTT CCC TAT TTT CTA GTA GGT

dupA F2R2

ATG TTT CTT GGT TTA GAG GG

2499

95 °C, 30 s; 56 °C, 30 s; 72 °C, 30 s (35 cycles)

TTA TAC ATA TTG AAT ATT CTC GC

dupA F5R3

GGT TTC TAC TGA CAG AGC GC

468

CGT ATT TAG TCA GTA AGT TGG CG

jhp0562/β-(1,3)galT

TGA AAA GCC CTT TTG ATT TTG

301/602

95 °C, 30 s; 56 °C, 30 s; 72 °C, 30 s (35 cycles)

GCT GTA GTG GCC ACA TAC ACG

  1. aY = C + T