Skip to main content

Table 5 The primers used for detecting virulence factors of H. pylori

From: Helicobacter pylori virulence genes in the five largest islands of Indonesia

Genes Primer sequences (5′ → 3′) PCR product (bp) PCR conditions
cagA ACC CTA GTC GGT AAT GGG 521 94 °C, 1 min; 52 °C, 1 min; 72 °C, 1 min (35 cycles)
GCT TTA GCT TCT GAY ACY GCa
vacA    94 °C, 1 min; 52 °C, 1 min; 72 °C, 1 min (35 cycles)
 s1/s2 ATG GAA ATA CAA CAA ACA CAC 259/268
CTG CTT GAA TGC GCC AAA C
 m1/m2 CAA TCT GTC CAA TCA AGC GAG 567/642
GCG TCA AAA TAA TTC CAA GG
oipA CCA TGA AAA AAG CTC TCT TAC T 430 94 °C, 30 s; 50 °C, 30 s; 72 °C, 30 s (25 cycles)
GCC CTT TTA CCC TTC GTT CAA C
iceA    94 °C, 1 min; 56 °C, 1 min; 72 °C, 1 min (30 cycles)
 iceA1 GTG TTT TTA ACC AAA GTA TC 247
CTA TAG CCA STY TCT TTG CA
 iceA2 GTT GGG TAT ATC ACA ATT TAT 229
TTT CCC TAT TTT CTA GTA GGT
dupA F2R2 ATG TTT CTT GGT TTA GAG GG 2499 95 °C, 30 s; 56 °C, 30 s; 72 °C, 30 s (35 cycles)
TTA TAC ATA TTG AAT ATT CTC GC
dupA F5R3 GGT TTC TAC TGA CAG AGC GC 468
CGT ATT TAG TCA GTA AGT TGG CG
jhp0562/β-(1,3)galT TGA AAA GCC CTT TTG ATT TTG 301/602 95 °C, 30 s; 56 °C, 30 s; 72 °C, 30 s (35 cycles)
GCT GTA GTG GCC ACA TAC ACG
  1. aY = C + T