Target gene | Primers’ sequences 5′–3′ | Amplified segment (bp) | Primary denaturation | Amplification (35 cycles) | Final extension | References | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Secondary denaturation | Annealing | Extension | ||||||
pefA | TGTTTCCGGGCTTGTGCT | 700 | 94 °C 10 min | 94 °C 45 s | 55 °C 45 s | 72 °C 45 s | 72 °C 10 min | [4] |
CAGGGCATTTGCTGATTCTTCC | ||||||||
hilA | CGGAAGCTTATTTGCGCCATGCT GAGGTAG | 854 | 94 °C 10 min | 94 °C 45 s | 60 °C 45 s | 72 °C 45 s | 72 °C 10 min | [37] |
GCATGGATCCCCGCCGGCGAGAT TGTG | ||||||||
sopB | TCAGAAGRCGTCTAACCACTC | 517 | 94 °C 5 min | 94 °C 30 s | 58 °C 30 s | 72 °C 30 s | 72 °C 7 min | [38] |
TACCGTCCTCATGCACACTC | ||||||||
stn | TTGTGTCGCTATCACTGGCAACC | 617 | 94 °C 10 min | 94 °C 45 s | 59 °C 45 s | 72 °C 45 s | 72 °C 10 min | [4] |
ATTCGTAACCCGCTCTCGTCC |