TY - JOUR AU - Hall, I. C. AU - O’toole, E. PY - 1935 DA - 1935// TI - Intestinal flora in newborn infants with a description of a new pathogenic anaerobe, Bacillus difficilis JO - Am J Dis Child ID - Hall1935 ER - TY - JOUR AU - Skerman, V. B. D. AU - Mcgowan, V. AU - Sneath, P. H. A. PY - 1980 DA - 1980// TI - Approved Lists of Bacterial Names JO - Int J Syst Bacteriol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-30-1-225 DO - 10.1099/00207713-30-1-225 ID - Skerman1980 ER - TY - STD TI - Prévot AR. Études de systématique bactérienne IV. Critique de la conception actuelle du genre Clostridium. In: Cato EP, Hash DE, Holdeman LV et al, editors. Electrophoretic study of Clostridium species. J Clin Microbiol. 1982;15:668–702. ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Yutin, N. AU - Galperin, M. Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - A genomic update on clostridial phylogeny: Gram-negative spore formers and other misplaced clostridia JO - Environ Microbiol ID - Yutin2013 ER - TY - JOUR AU - Hatheway, C. L. PY - 1990 DA - 1990// TI - Toxigenic Clostridia JO - Clin Microbiol Rev VL - 3 ID - Hatheway1990 ER - TY - JOUR AU - George, R. H. AU - Symonds, J. M. AU - Dimock, F. AU - Brown, J. D. AU - Arabi, Y. AU - Shinagawa, N. AU - Keighley, M. R. AU - Alexander-Williams, J. AU - Burdon, D. W. PY - 1978 DA - 1978// TI - Identification of Clostridium difficile as a cause of pseudomembranous colitis JO - Br Med J VL - 1 UR - https://doi.org/10.1136/bmj.1.6114.695 DO - 10.1136/bmj.1.6114.695 ID - George1978 ER - TY - JOUR AU - Larson, H. E. AU - Price, A. B. AU - Honour, P. AU - Borrielo, S. P. PY - 1978 DA - 1978// TI - Clostridium difficile and the aetiology of pseudomembranous colitis JO - Lancet VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(78)90912-1 DO - 10.1016/S0140-6736(78)90912-1 ID - Larson1978 ER - TY - JOUR AU - Khan, F. Y. AU - Elzouki, A. N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Clostridium difficile infection: a review of the literature JO - Asian Pac J Trop Med ID - Khan2014 ER - TY - JOUR AU - Ogielska, M. AU - Lanotte, P. AU - Brun, C. AU - Valentin, A. S. AU - Garot, D. AU - Tellier, A. C. AU - Halimi, J. M. AU - Colombat, P. AU - Guilleminault, L. AU - Lioger, B. AU - Vegas, H. AU - Toffol, B. AU - Constans, T. AU - Bernard, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Emergence of community-acquired Clostridium difficile infection: the experience of a French hospital and review of the literature JO - Int J Infect Dis ID - Ogielska2015 ER - TY - JOUR AU - Songer, J. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Clostridia as agents of zoonotic disease JO - Vet Microbiol ID - Songer2010 ER - TY - JOUR AU - Silva, R. O. AU - D’Elia, M. L. AU - Teixeira, É. P. AU - Pereira, P. L. AU - de Magalhaes Soares, D. F. AU - Cavalcanti, Á. R. AU - Kocuvan, A. AU - Rupnik, M. AU - Santos, A. L. AU - Junior, C. A. AU - Lobato, F. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Clostridium difficile and Clostridium perfringens from wild carnivore species in Brazil JO - Anaerobe VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2014.06.012 DO - 10.1016/j.anaerobe.2014.06.012 ID - Silva2014 ER - TY - JOUR AU - Hopman, N. E. AU - Keessen, E. C. AU - Harmanus, C. AU - Sanders, I. M. AU - Leengoed, L. A. AU - Kuijper, E. J. AU - Lipman, L. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Acquisition of Clostridium difficile by piglets JO - Vet Microbiol ID - Hopman2011 ER - TY - JOUR AU - Schneeberg, A. AU - Neubauer, H. AU - Schmoock, G. AU - Baier, S. AU - Harlizius, J. AU - Nienhoff, H. AU - Brase, K. AU - Zimmermann, S. AU - Seyboldt, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Clostridium difficile genotypes in piglet population in Germany JO - J Clin Microbiol ID - Schneeberg2013 ER - TY - JOUR AU - Songer, J. G. AU - Anderson, M. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Clostridium difficile: an important pathogen of food animals JO - Anaerobe VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2005.09.001 DO - 10.1016/j.anaerobe.2005.09.001 ID - Songer2006 ER - TY - JOUR AU - Carter, G. P. AU - Rood, J. I. AU - Lyras, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - The role of toxin A and toxin B in Clostridium difficile-associated disease JO - Gut Microbes ID - Carter2010 ER - TY - JOUR AU - Voth, D. E. AU - Ballard, J. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Clostridium difficile toxins: mechanism of action and role in disease JO - Clin Microbiol Rev ID - Voth2005 ER - TY - JOUR AU - Leuzzi, R. AU - Adamo, R. AU - Scarselli, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Vaccines against Clostridium difficile JO - Hum Vaccines Immunother ID - Leuzzi2014 ER - TY - JOUR AU - Songer, J. G. AU - Jones, R. AU - Anderson, M. A. AU - Barbara, A. J. AU - Post, K. W. AU - Trinha, H. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Prevention of porcine Clostridium difficile-associated disease by competitive exclusion with nontoxigenic organisms JO - Vet Microbiol ID - Songer2007 ER - TY - JOUR AU - Merrigan, M. M. AU - Sambol, S. P. AU - Johnson, S. AU - Gerding, D. N. PY - 2009 DA - 2009// TI - New approach to the management of Clostridium difficile infection: colonisation with non-toxigenic C. difficile during daily ampicillin or ceftriaxone administration JO - Int J Antimicrob Agents ID - Merrigan2009 ER - TY - JOUR AU - Villano, S. A. AU - Seiberling, M. AU - Tatarowicz, W. AU - Monnot-Chase, E. AU - Gerding, D. N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evaluation of an oral suspension of VP20621, spores of nontoxigenic Clostridium difficile strain M3, in healthy subjects JO - Antimicrob Agents Chemother ID - Villano2012 ER - TY - JOUR AU - Nagaro, K. J. AU - Phillips, S. T. AU - Cheknis, A. K. AU - Sambol, S. P. AU - Zukowski, W. E. AU - Johnson, S. AU - Gerdinga, D. N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Nontoxigenic Clostridium difficile protects hamsters against challenge with historic and epidemic strains of toxigenic BI/NAP1/027 C. difficile JO - Antimicrob Agents Chemother ID - Nagaro2013 ER - TY - JOUR AU - Oliveira, C. A. AU - Silva, R. O. S. AU - Diniz, N. A. AU - Pires, P. S. AU - Lobato, F. C. F. AU - Assis, R. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Prevention of Clostridium difficile infection in hamsters using a non-toxigenic strain JO - Cienc Rural. ID - Oliveira2016 ER - TY - JOUR AU - Sambol, S. P. AU - Merrigan, M. M. AU - Tang, J. K. AU - Johnson, S. AU - Gerding, D. N. PY - 2002 DA - 2002// TI - Colonization for the prevention of Clostridium difficile disease in Hamsters JO - J Infect Dis ID - Sambol2002 ER - TY - STD TI - FastQC. Babraham Bioinformatics. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc. 2015. Accessed 07 Sept 2015. UR - http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Chevreux, B. AU - Wetter, T. AU - Suhai, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genome sequence assembly using trace signals and additional sequence information JO - Comput Sci Biol Proc Ger Conf Bioinform VL - 99 ID - Chevreux1999 ER - TY - JOUR AU - Nurk, S. AU - Bankevich, A. AU - Antipov, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Assembling genomes and mini-metagenomes from highly chimeric reads JO - Res Comput Mol Biol VL - 7821 UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-37195-0_13 DO - 10.1007/978-3-642-37195-0_13 ID - Nurk2013 ER - TY - JOUR AU - Galardini, M. AU - Biondi, E. G. AU - Bazzicalupo, M. AU - Mengoni, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - CONTIGuator: a bacterial genomes finishing tool for structural insights on draft genomes JO - Source Code Biol Med ID - Galardini2011 ER - TY - JOUR AU - Seemann, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Prokka: rapid prokaryotic genome annotation JO - Bioinformatics ID - Seemann2014 ER - TY - JOUR AU - Rutherford, K. AU - Parkhill, J. AU - Crook, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Artemis: sequence visualization and annotation JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.10.944 DO - 10.1093/bioinformatics/16.10.944 ID - Rutherford2000 ER - TY - JOUR AU - Petersen, T. N. AU - Brunak, S. AU - von Heijne, G. AU - Nielsen, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions JO - Nat Methods ID - Petersen2011 ER - TY - JOUR AU - Sonnhammer, E. L. AU - Heijne, G. AU - Krogh, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - A hidden Markov model for predicting transmembrane helices in protein sequences JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol VL - 6 ID - Sonnhammer1998 ER - TY - JOUR AU - Mistry, J. AU - Bateman, A. AU - Finn, R. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Predicting active site residue annotations in the Pfam database JO - BMC Bioinform ID - Mistry2007 ER - TY - JOUR AU - Kalendar, R. AU - Lee, D. AU - Schulman, A. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis JO - Genomics ID - Kalendar2011 ER - TY - JOUR AU - Merrigan, M. M. AU - Venugopal, A. AU - Roxas, J. L. AU - Anwar, F. AU - Mallozzi, M. J. AU - Roxas, B. A. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Surface-layer protein A (SlpA) is a major contributor to host-cell adherence of Clostridium difficile JO - PLoS One ID - Merrigan2013 ER - TY - JOUR AU - Awad, M. M. AU - Johanesen, P. A. AU - Carter, G. P. AU - Rose, E. AU - Lyras, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Clostridium difficile virulence factors: insights into an anaerobic spore-forming pathogen JO - Gut Microbes ID - Awad2014 ER - TY - JOUR AU - Hennequin, C. AU - Porcheray, F. AU - Waligora-Dupriet, A. AU - Collignon, A. AU - Barc, M. AU - Bourlioux, P. AU - Karjalainen, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - GroEL (Hsp60) of Clostridium difficile is involved in cell adherence JO - Microbiology VL - 147 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-147-1-87 DO - 10.1099/00221287-147-1-87 ID - Hennequin2001 ER - TY - JOUR AU - Waligora, A. AU - Hennequin, C. AU - Mullany, P. AU - Bourlioux, P. AU - Collignon, A. AU - Karjalainen, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - Characterization of a cell surface protein of Clostridium difficile with adhesive properties JO - Infect Immun ID - Waligora2001 ER - TY - JOUR AU - Lin, Y. AU - Kuo, C. AU - Koleci, X. AU - McDonough, S. P. AU - Chang, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Manganese binds to Clostridium difficile Fbp68 and is essential for fibronectin binding JO - J Biol Chem ID - Lin2011 ER - TY - JOUR AU - Baban, S. T. AU - Kuehne, S. A. AU - Barketi-Klai, A. AU - Cartman, S. T. AU - Kelly, M. L. AU - Hardie, K. R. AU - Kansau, I. AU - Collignon, A. AU - Minton, N. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - The role of flagella in Clostridium difficile pathogenesis: comparison between a non-epidemic and an epidemic strain JO - PLoS One ID - Baban2013 ER - TY - JOUR AU - Ðapa, T. AU - Leuzzi, R. AU - Ng, Y. K. AU - Baban, S. T. AU - Adamo, R. AU - Kuehna, S. A. AU - Scarselli, M. AU - Minton, N. P. AU - Serruto, D. AU - Unnikrishnan, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Multiple factors modulate biofilm formation by the anaerobic pathogen Clostridium difficile JO - J Bacteriol. ID - Ðapa2013 ER - TY - JOUR AU - Dingle, T. C. AU - Mulvey, G. L. AU - Armstrong, G. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mutagenic analysis of the Clostridium difficile flagellar proteins, FliC and FliD, and their contribution to virulence in hamsters JO - Infect Immun ID - Dingle2011 ER - TY - JOUR AU - Mackin, K. E. AU - Carter, G. AU - Howarth, P. AU - Rood, J. I. AU - Lyras, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Spo0A differentially regulates toxin production in evolutionarily diverse strains of Clostridium difficile JO - PLoS One ID - Mackin2013 ER - TY - JOUR AU - Permpoonpattana, P. AU - Phetcharaburanin, J. AU - Mikelsone, A. AU - Dembek, M. AU - Tan, S. AU - Brisson, M. C. AU - Ragione, R. AU - Brisson, A. R. AU - Fairweather, N. AU - Hong, H. A. AU - Cutting, S. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Functional characterization of Clostridium difficile spore coat proteins JO - J Bacteriol ID - Permpoonpattana2013 ER - TY - JOUR AU - Jump, R. L. P. AU - Pultz, M. J. AU - Donskey, C. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Vegetative Clostridium difficile survives in room air on moist surfaces and in gastric contents with reduced acidity: a potential mechanism to explain the association between proton pump inhibitors ans C. difficile-associated diarrhea? JO - Antimicrob Agents Chemother ID - Jump2007 ER - TY - JOUR AU - Patterson, A. J. AU - Colangeli, R. AU - Spigaglia, P. AU - Scott, K. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distribution of specific tetracycline and erythromycin resistance genes in environmental samples assessed by macroarray detection JO - Environ Microbiol ID - Patterson2007 ER - TY - JOUR AU - Spigaglia, P. AU - Barbanti, F. AU - Mastrantonio, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Detection of a genetic linkage between genes coding for resistance to tetracycline and erythromycin in Clostridium difficile JO - Microb Drug Resist ID - Spigaglia2007 ER - TY - JOUR AU - Persson, S. AU - Torpdahl, M. AU - Olsen, K. E. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - New multiplex PCR method for the detection of Clostridium difficile toxin A (tcdA) and toxin B (tcdB) and the binary toxin (cdtA/cdtB) genes applied to a Danish strain collection JO - Clin Microbiol Infect ID - Persson2008 ER - TY - JOUR AU - Dingle, K. E. AU - Elliot, B. AU - Robinson, E. AU - Griffiths, D. AU - Eyre, D. W. AU - Stoesser, N. AU - Vaughan, A. AU - Golubchik, T. AU - Fawley, W. N. AU - Wilcox, M. H. AU - Peto, T. E. AU - Walker, A. S. AU - Riley, T. V. AU - Crook, D. W. AU - Didelot, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - Evolutionary history of the Clostridium difficile pathogenicity locus JO - Genome Biol Evol ID - Dingle2014 ER - TY - JOUR AU - Agren, J. AU - Sundström, A. AU - Håfström, T. AU - Segerman, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gegenees: fragmented alignment of multiple genomes for determining phylogenomic distances and genetic signatures unique for specified target groups JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039107 DO - 10.1371/journal.pone.0039107 ID - Agren2012 ER - TY - STD TI - GenBank. NCBI, USA. 2015. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank. Accessed 22 Sept 2015. UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank ID - ref50 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Liang, Y. AU - Lynch, K. H. AU - Dennis, J. J. AU - Wishart, D. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - PHAST: a fast phage search tool JO - Nucl Acids Res ID - Zhou2011 ER - TY - JOUR AU - Griffiths, D. AU - Fawley, W. AU - Kachrimanidou, M. AU - Bowden, R. AU - Crook, D. W. AU - Fung, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Multilocus sequence typing of Clostridium difficile JO - J Clin Microbiol ID - Griffiths2010 ER - TY - JOUR AU - Kurka, H. AU - Ehrenreich, A. AU - Ludwig, W. AU - Monot, M. AU - Rupnik, M. AU - Barbut, F. AU - Indra, A. AU - Dupuy, B. AU - Liebl, W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Sequence similarity of Clostridium difficile strains by analysis of conserved genes and genome content is reflected by their ribotype affiliation JO - PLoS One ID - Kurka2014 ER - TY - JOUR AU - Darling, A. E. AU - Worden, P. AU - Chapman, T. A. AU - Chowdhury, P. R. AU - Charles, I. G. AU - Djordjevic, S. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - The genome of Clostridium difficile 5.3 JO - Gut Pathogens ID - Darling2014 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Makarova, K. S. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Expanded microbial genome coverage and improved protein family annotation in the COG database JO - Nucl Acids Res ID - Galperin2015 ER -