Skip to main content

Table 2 LFQ analysis of proteins significantly increased in functional annotations depicted as log2 median protein LFQ intensities for each PCR-ribotype

From: Analysis of proteomes released from in vitro cultured eight Clostridium difficile PCR ribotypes revealed specific expression in PCR ribotypes 027 and 176 confirming their genetic relatedness and clinical importance at the proteomic level

Protein IDs Gene Other name LFQ intensities (medians)
PCR ribotype 010 PCR ribotype 014 PCR ribotype 012 PCR ribotype 005 PCR ribotype 001 PCR ribotype 078 PCR ribotype 027 PCR ribotype 176
Proteins connected with pathogenicity
 C9YJ37 tcdA   NaN NaN 23.9406471252441 21.0392570495605 NaN 22.6982688903809 29.6992073059082 30.8379325866699
 C9YJ35 tcdB   NaN NaN NaN NaN NaN 25.519832611084 28.9616012573242 29.5168876647949
 C9YPH7 CDR20291_2491 Binary toxin A NaN NaN NaN NaN NaN 24.3312873840332 26.6904582977295 26.4365386962891
 C9YPH8 CDR20291_2492 Binary toxin B NaN NaN NaN NaN NaN 23.4304580688477 28.8938579559326 28.5896377563477
 C9YK92 CDR20291_0993 Sigma-54 dependent regulatory protein NaN NaN NaN 27.0586080551147 NaN NaN 27.1893329620361 26.7876834869385
 C9YLG4 CDR20291_1416 Nucleic acid zinc binding protein NaN NaN NaN NaN NaN NaN 25.9671478271484 26.3175354003906
 C9YLL2 CDR20291_1464 Cell wall binding repeat 2 family NaN NaN NaN NaN NaN NaN 26.3065376281738 25.8410053253174
Proteins connected with nitric group reduction and Iron metabolism
 C9YRI2 CDR20291_3199 Putative nitroreductase 27.0130786895752 26.4193916320801 26.5232486724854 26.8069801330566 26.496114730835 NaN NaN NaN
 C9YQW5 CDR20291_2983 Abc-type Fe3 + transport protein NaN NaN NaN NaN NaN 26.9341583251953 26.2506980895996 26.5248928070068
Proteins involved in assembly of C. difficile flagellum
 C9YI65 flgE   NaN 26.9150 NaN 27.8812 NaN NaN 28.3666 28.8633
 C9YI79 flgG   NaN 26.0100 NaN 26.5176 NaN NaN 27.1453 27.7334
 C9YI39 flgK   NaN 25.8299 NaN 27.1115 NaN 20.8008 27.4089 27.8577
 C9YI40 flgL   NaN 26.9301 NaN 28.2372 NaN NaN 28.8744 29.2726
 C9YI47 fliC   22.6972 31.3676 24.8220 32.0720 23.0162 24.4515 33.4973 33.4187
 C9YI45 fliD   NaN 28.5824 NaN 29.5971 NaN 24.4789 30.8483 31.3318
 C9YI63 fliK   NaN 24.3520 NaN 24.2037 NaN NaN 25.4507 25.9487
 C9YI80 CDR20291_0273 Flagellar basal body protein NaN 25.7288 NaN 25.6922 NaN NaN 27.1761 27.5685
 C9YI56 flgC   NaN 23.3975 NaN 21.6154 NaN NaN 23.3294 24.2061
 C9YI37 flgM   NaN 22.7971 NaN 23.0258 NaN NaN 24.9594 24.9965
 C9YI69 fliL   NaN NaN NaN 24.3746 NaN NaN 24.1803 24.3687
 C9YI57 fliE   NaN NaN NaN NaN NaN NaN 24.7266 25.1837
 C9YI34 CDR20291_0227 Glycosyltransferase NaN 23.5203 NaN 23.5857 NaN NaN 25.4568 25.7181
Pro–Pro endopeptidase, PPEP-1
 Q183R7 CDR20291_2721 The Pro–Pro endopeptidase PPEP-1 30.2371 29.8636 29.8793 29.7003 29.8969 29.2947 28.2033 28.3333
 Q183R6 CD2831/Q183R6   NaN NaN NaN NaN NaN 24.6508 NaN NaN
 Q17ZZ0 CD3246/Q17ZZ0   NaN NaN NaN NaN NaN 26.6933 NaN NaN
Proteins involved in histidine pathway metabolism
 C9YLE4 hisZ   NaN 27.7653 27.1694 28.0111 28.4014 27.1528 27.5777 27.9507
 C9YLE5 hisG   NaN 26.6600 26.5274 27.2147 27.6760 26.3144 26.7599 27.0261
  1. NaN represent values not detected in the particular isolates