Table 2 LFQ analysis of proteins significantly increased in functional annotations depicted as log2 median protein LFQ intensities for each PCR-ribotype
Protein IDs | Gene | Other name | LFQ intensities (medians) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PCR ribotype 010 | PCR ribotype 014 | PCR ribotype 012 | PCR ribotype 005 | PCR ribotype 001 | PCR ribotype 078 | PCR ribotype 027 | PCR ribotype 176 | |||
Proteins connected with pathogenicity | ||||||||||
 C9YJ37 | tcdA |  | NaN | NaN | 23.9406471252441 | 21.0392570495605 | NaN | 22.6982688903809 | 29.6992073059082 | 30.8379325866699 |
 C9YJ35 | tcdB |  | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 25.519832611084 | 28.9616012573242 | 29.5168876647949 |
 C9YPH7 | CDR20291_2491 | Binary toxin A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 24.3312873840332 | 26.6904582977295 | 26.4365386962891 |
 C9YPH8 | CDR20291_2492 | Binary toxin B | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 23.4304580688477 | 28.8938579559326 | 28.5896377563477 |
 C9YK92 | CDR20291_0993 | Sigma-54 dependent regulatory protein | NaN | NaN | NaN | 27.0586080551147 | NaN | NaN | 27.1893329620361 | 26.7876834869385 |
 C9YLG4 | CDR20291_1416 | Nucleic acid zinc binding protein | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 25.9671478271484 | 26.3175354003906 |
 C9YLL2 | CDR20291_1464 | Cell wall binding repeat 2 family | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 26.3065376281738 | 25.8410053253174 |
Proteins connected with nitric group reduction and Iron metabolism | ||||||||||
 C9YRI2 | CDR20291_3199 | Putative nitroreductase | 27.0130786895752 | 26.4193916320801 | 26.5232486724854 | 26.8069801330566 | 26.496114730835 | NaN | NaN | NaN |
 C9YQW5 | CDR20291_2983 | Abc-type Fe3 + transport protein | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 26.9341583251953 | 26.2506980895996 | 26.5248928070068 |
Proteins involved in assembly of C. difficile flagellum | ||||||||||
 C9YI65 | flgE |  | NaN | 26.9150 | NaN | 27.8812 | NaN | NaN | 28.3666 | 28.8633 |
 C9YI79 | flgG |  | NaN | 26.0100 | NaN | 26.5176 | NaN | NaN | 27.1453 | 27.7334 |
 C9YI39 | flgK |  | NaN | 25.8299 | NaN | 27.1115 | NaN | 20.8008 | 27.4089 | 27.8577 |
 C9YI40 | flgL |  | NaN | 26.9301 | NaN | 28.2372 | NaN | NaN | 28.8744 | 29.2726 |
 C9YI47 | fliC |  | 22.6972 | 31.3676 | 24.8220 | 32.0720 | 23.0162 | 24.4515 | 33.4973 | 33.4187 |
 C9YI45 | fliD |  | NaN | 28.5824 | NaN | 29.5971 | NaN | 24.4789 | 30.8483 | 31.3318 |
 C9YI63 | fliK |  | NaN | 24.3520 | NaN | 24.2037 | NaN | NaN | 25.4507 | 25.9487 |
 C9YI80 | CDR20291_0273 | Flagellar basal body protein | NaN | 25.7288 | NaN | 25.6922 | NaN | NaN | 27.1761 | 27.5685 |
 C9YI56 | flgC |  | NaN | 23.3975 | NaN | 21.6154 | NaN | NaN | 23.3294 | 24.2061 |
 C9YI37 | flgM |  | NaN | 22.7971 | NaN | 23.0258 | NaN | NaN | 24.9594 | 24.9965 |
 C9YI69 | fliL |  | NaN | NaN | NaN | 24.3746 | NaN | NaN | 24.1803 | 24.3687 |
 C9YI57 | fliE |  | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 24.7266 | 25.1837 |
 C9YI34 | CDR20291_0227 | Glycosyltransferase | NaN | 23.5203 | NaN | 23.5857 | NaN | NaN | 25.4568 | 25.7181 |
Pro–Pro endopeptidase, PPEP-1 | ||||||||||
 Q183R7 | CDR20291_2721 | The Pro–Pro endopeptidase PPEP-1 | 30.2371 | 29.8636 | 29.8793 | 29.7003 | 29.8969 | 29.2947 | 28.2033 | 28.3333 |
 Q183R6 | CD2831/Q183R6 |  | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 24.6508 | NaN | NaN |
 Q17ZZ0 | CD3246/Q17ZZ0 |  | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | 26.6933 | NaN | NaN |
Proteins involved in histidine pathway metabolism | ||||||||||
 C9YLE4 | hisZ |  | NaN | 27.7653 | 27.1694 | 28.0111 | 28.4014 | 27.1528 | 27.5777 | 27.9507 |
 C9YLE5 | hisG |  | NaN | 26.6600 | 26.5274 | 27.2147 | 27.6760 | 26.3144 | 26.7599 | 27.0261 |