Table 2 Catalogue of phyla, orders, families found in the study cohort

Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria

Verrucomicrobia, Fusobacteria, Tenericutes, Spirochaetes, Lentisphaerae, Elusimicrobiae, Cyanobacteria, Synergistetes, Deferribacteres, Acidobacteria, Armatimonadetes, Caldotrichaeota, Chloroflexi, Deinococcus-Thermus, Candidatus, Fibrobacteres, Gemmatomonadetes, Ignavibacteriae, Nitrospinae, Kiritimatiellaeota, Planctomycetes, Balneolaeota, Chlamydiae,

Candidatus Falkowbacteria, Candidatus Moranbacteria, Candidatus Saccharibacteria, Candidatus Latescibacteria,

Candidatus Melainabacteria,Candidatus Peregrinibacteria, Thermodesulfobacteria, Candidatus Shapirobacteria, Candidatus Jorgensenbacteria, Candidatus Raymondbacteria, Candidatus Schekmanbacteria, Candidatus Doudnabacteria, Candidatus Gracilibacteria, Candidatus Portnoybacteria, Candidatus Yanofskybacteria,Candidatus Parcubacteria,

Candidatus Wolfebacteria,Candidatus Lindowbacteria,

Candidatus Pacebacteria

Actinomycetales, Bacteroidales, Enterobacterales, Bifidobacteriales, Corynebacteriales, Micrococcales, Clostridiales, Coribacteriales, Erysipelotrichales, Lactobacillales, Pseudomonadales, Tissierellales, Verrucomicrobiales, Vibrionales, Streptomycetales, Flavobacteriales, Bacillales, Selenomonadales, Fusobacteriales, Rhizobiales, Rhodobacterales, Burkholderiales, Neisseriales, Desulfovibrionales, Myxococcales, Campylobacterales, Aeromonadales, Cellvibrionales, Chromatiales, Pasteurellales

Veillonellales, Propionibacteriales, Eggerthellales, Pseudonocardiales, Gaiellales, Armatimonadales, Oceanospirillales, Cytophagales, Acidaminococcales Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales, Xanthomonadales, Oligoflexales, Sphaerobacterales, Kallotenuales, Chroococcales, Calditrichales, Anaerolineales, Deinococcales, Caulobacterales, Nitrosomonadales, Bradymonadales, Desulfobacterales, Alteromonadales, Arenicellales, Cardiobacteriales, Legionellales, Immundisolibacterales, Thiotrichales, Mariprofundales, Spirochaetales, Synergistales, Mycoplasmatales, Acidimicrobiales, Acidothermales, Frankiales, Kineosporiales, Euzybyales, Gaiellales, Marinilabiliales, Deferribacterales, Fibrobacterales, Gemmatimonadales, Victivallales, Acidithiobacillales, Holosporales, Rhodocyclales, Desulfuromonadales, Acholeplasmatales, Methylococcales, Bacteriovoracales, Bdellovibrionales, Brachyspirales, Anaeroplasmatales, Opitutales, Puniceicoccales, Saprospirales, Halanaerobiales, Ignavibacteriales, Planctomycetales, Magnetococcales, Haloplasmatales, Acidobacterales, Solibacterales, Rubrobacterales, Chitinophagales, Sneathellales, Micromonosporales, Parachlamydiales, Caldilineales, Thermomicrobiales, Limnochordales, Chthoniobacterales, Jiangellales, Streptosporangialles, Thermoanaerobacterales, Kordiimonadales, Acidiferrobacterales, Nakamurellales, Solirubrobacterales, Dehalococcoidales, Endomicrobiales, Holophagales, Ardenticatenales, Nostocales, Gloebacterales, Parvularculales, Pelagibacteriales, Natranaerobiales, Desulfarculales, Syntrophobacterales, Synechococcales, Geodermatophilales, Methylacidophilales, Kiloniellales, Hydrogenophilales, Nitriliruptorales, Balneolales, Ktedonobacterales, Salinisphaerales, Chloroflexales, Ferrovales, Orbales, Nitriruptorales, Fimbrimonadales, Oligosphaerales, Nitrospirales, Neviskiales, Entomoplasmatales, Acanthopleuribacterales, Pleurocapsales Longimicrobiales.

Actinomycetaceae, Bifidobacteriaceae, Corynebacteriaceae, Microbacteriaceae, Micrococcaceae, Streptomycetaceae, Atopobiaceae, Coriobacteriaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Rickenellaceae, Flavobacteriaceae, Bacillaceae, Staphylococcaceae, Aerococcaceae, Carnobacteriaceae, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Streptococcaceae, Christencenellaceae, Clostridiaceae, Clostridiales Family XIII Incertae Sedis, Lachnospiraceae, Peptococcaceae, Peptostreptococcaceae, Ruminococcaceae, Erysipelotrichaceae, Selenomonadaceae, Veillonellaceae, Peptoniphilaceae, Fusobacteriaceae, Methylobacteriaceae, Rhodobacteraceae, Neisseriaceae, Campylobacteraceae, Succinivibrionaceae, Enterobacteriaceae, Pasteurellaceae, Vibrionaceae, Akkermansiaceae

Solibacteraceae, Gordoniaceae, Dietziaceae, Nocardiaceae, Brevibacteriaceae, Dermacoccaceae, Dermatophilaceae, Intrasporangiaceae, Nocardioidaceae, Propionibacteriaceae, Pseudonocardiaceae, Eggerthellaceae, Dysgomonadaceae, Lentimicrobiaceae, Muribaculaceae, Odoribacteraceae, Paludibacteraceae, Prolixibacteraceae, Porphyromonadaceae, Tannerellaceae, Cytophagaceae, Microscillaceae, Calditrichaceae, anaerolineaceae, Deinococcaceae, Saprospiraceae, Alicyclobacilaceae, Planococcaceae, Leuconostocaceae, Caldicoprobacteraceae, Eubacteriaceae, Oscillosporaceae, Syntrophomonadaceae, Acidaminococcaceae, Leptotrichiaceae, Caulobacteraceae, Hyphomonadaceae, Erythrobacteraceae, Sphingomonadaceae, Burkholderiaceae, Comamonadaceae, Suttarellaceae, Nitrosomonadaceae, Bradymonadaceae, Desulfobulbaceae, Desulfovibrionaceae, Helicobacteraceae, aeromonadaceae, Shewanellaceae, Arenicellaceae, Cardiobacteriaceae, Helieaceae, Spongibacteraceae, Chromatiaceae, Erwiniaceae, Morganellaceae, Pectobacteriaceae, Yersiniaceae, Immundisolibacteraceae, Coxiellaceae, Alcanivoraceae, Endozoicomonaceae, Halomonadaceae, Oceanospirillaceae, Thiotrichaceae, Xanthomonadaceae, Oligoflexaceae, Mariprofundaceae, Spirochaetaceae, Synergiataceae, Mycoplasmataceae, Fabaceae, Acidimicrobiaceae, Mycobacteriaceae, Sphingobacteriaceae, Sporichthyaceae, Kineosporiaceae, Bogoriellaceae, Dermabacteraceae, Microcystaceae, Deferribacteraceae, Elusimicrobiaceae, Fibrobacteraceae, Defluvitaleaceae, Thermoactinomycetaceae, Sporomusaceae, Gemmatimonadaceae, Acidithiobacillaceae, Candidatus Paracaedibacteraceae, Hyphomicrobiaceae, Acetobacteraceae, Geminicoccaceae, Rickettsiaceae, Oxalobacteraceae, Thiobacillaceae, Azonexaceae, Rhodocyclaceae, Zoogloeaceae, Desulfomicrobiaceae, Desulfuromonadaceae, Geobacteraceae, Alteromonadaceae, Moritellaceae, Porticoccaceae, Halothiobacillaceae, Hafniaceae, Legionellaceae, Methylococcaceae, Bactriovoracaceae, Bdellovibrionaceae, Brachyspiraceae, Anaeroplasmataceae, Opitutaceae, Puniceicoccaceae, Frankiaceae, Promicromonosporaceae, Listeriaceae, Paenibacillaceae, Sporolactobacillaceae, Halanaerobiaceae, Halobacteroidaceae, Ignavibacteriaceae, Magnetococcaceae, Chromobacteriaceae, Desulfobacteriaceae, Sandaracinaceae, Williamsiaceae, Gemmataceae, Rhodospirillaceae, Kofleriaceae, Pseudoalteromonadaceae, Microbulbiferaceae, Hanellaceae, Saccharospirillaceae, Rhodoanobacteraceae, Bryobacteraceae, Beijerinckiaceae, Sneathiellaceae, Haloplasmataceae,Tsukamurellaceae, Micromonosporaceae, Barnesiellaceae, Cyclobacteraceae, Parachlamydiaceae, Caldiliniaceae, Aurantimonadaceae, Rhizobiaceae, Ectothiorhodospiraceae, Jiangellaceae, Cellumonadaceae, Rubrobacteraceae, Chitinophagaceae,

Bradyrhizobiaceae, Brucellaceae, Cellvibrionaceae, Nakamurellaceae, Segniliparaceae, Amoebophilaceae, Cryomorphaceae, Endomicrobiaceae, Pasteuriaceae, Clostridiales Family XVIII Incertae Sedis, Gracilibacteraceae, Thermodesulfobiaceae, Isophaeraceae, Planctomycetaceae, Anaplasmataceae, Candidatus Midichloriaceae, Methylophilaceae, Polyangiaceae, Oleiphilaceae, Leptospiraceae, Verrucomicrobiaceae, Holophagaceae, Crocinitomicaceae, Gottschalkiaceae, Victivallaceae, Parvularculaceae, Alcaligenaceae, Competibacteraceae, Psychromonadaceae, Woeseiaceae, Acholeplasmataceae, Sanguibacteraceae, Thermoanaerobacterales Family III Incertae Sedis, Desulfarculaceae, Geodermatophilaceae, Natramaerobiaceae, Liminochordaceae,Anaeromyxobacteraceae, Hymenobacteraceae, Trueperaceae, Archangiaceae, Rubritaleaceae, Idiomarinaceae, Hydrogenophilaceae, Nitriliruptoraceae, Flammeovirgaceae, Ichthyobacteriaceae, Proteinivoraceae, Rhodobiaceae, Xanthobacteraceae, Chlamydiaceae, Orbaceae, Blattabacteriaceae, Nitrospiraceae, Chthoniobacteraceae, Cohaesibacteraceae, Acanthopleuribacteraceae, Parviterribacteraceae, Xenococcaceae, Longimicrobiaceae, Galiionellaceae, Syntrophaceae, Thorselliaceae, Beutenbergiaceae, Thermoanaerobacterales, Family IV Incertae Sedis, Phyllobacteriaceae, Sterolibacteriaceae, Ferrimonadaceae.