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Table 2 Catalogue of phyla, orders, families found in the study cohort

From: Metagenomic analysis of gut microbiome and resistome of diarrheal fecal samples from Kolkata, India, reveals the core and variable microbiota including signatures of microbial dark matter

Phylum present in all subjects Phylum not present in all subjects
Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria Verrucomicrobia, Fusobacteria, Tenericutes, Spirochaetes, Lentisphaerae, Elusimicrobiae, Cyanobacteria, Synergistetes, Deferribacteres, Acidobacteria, Armatimonadetes, Caldotrichaeota, Chloroflexi, Deinococcus-Thermus, Candidatus, Fibrobacteres, Gemmatomonadetes, Ignavibacteriae, Nitrospinae, Kiritimatiellaeota, Planctomycetes, Balneolaeota, Chlamydiae,
Candidatus Falkowbacteria, Candidatus Moranbacteria, Candidatus Saccharibacteria, Candidatus Latescibacteria,
Candidatus Melainabacteria,Candidatus Peregrinibacteria, Thermodesulfobacteria, Candidatus Shapirobacteria, Candidatus Jorgensenbacteria, Candidatus Raymondbacteria, Candidatus Schekmanbacteria, Candidatus Doudnabacteria, Candidatus Gracilibacteria, Candidatus Portnoybacteria, Candidatus Yanofskybacteria,Candidatus Parcubacteria,
Candidatus Wolfebacteria,Candidatus Lindowbacteria,
Candidatus Pacebacteria
Orders present in all subjects Orders not present in all subjects
Actinomycetales, Bacteroidales, Enterobacterales, Bifidobacteriales, Corynebacteriales, Micrococcales, Clostridiales, Coribacteriales, Erysipelotrichales, Lactobacillales, Pseudomonadales, Tissierellales, Verrucomicrobiales, Vibrionales, Streptomycetales, Flavobacteriales, Bacillales, Selenomonadales, Fusobacteriales, Rhizobiales, Rhodobacterales, Burkholderiales, Neisseriales, Desulfovibrionales, Myxococcales, Campylobacterales, Aeromonadales, Cellvibrionales, Chromatiales, Pasteurellales Veillonellales, Propionibacteriales, Eggerthellales, Pseudonocardiales, Gaiellales, Armatimonadales, Oceanospirillales, Cytophagales, Acidaminococcales Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales, Xanthomonadales, Oligoflexales, Sphaerobacterales, Kallotenuales, Chroococcales, Calditrichales, Anaerolineales, Deinococcales, Caulobacterales, Nitrosomonadales, Bradymonadales, Desulfobacterales, Alteromonadales, Arenicellales, Cardiobacteriales, Legionellales, Immundisolibacterales, Thiotrichales, Mariprofundales, Spirochaetales, Synergistales, Mycoplasmatales, Acidimicrobiales, Acidothermales, Frankiales, Kineosporiales, Euzybyales, Gaiellales, Marinilabiliales, Deferribacterales, Fibrobacterales, Gemmatimonadales, Victivallales, Acidithiobacillales, Holosporales, Rhodocyclales, Desulfuromonadales, Acholeplasmatales, Methylococcales, Bacteriovoracales, Bdellovibrionales, Brachyspirales, Anaeroplasmatales, Opitutales, Puniceicoccales, Saprospirales, Halanaerobiales, Ignavibacteriales, Planctomycetales, Magnetococcales, Haloplasmatales, Acidobacterales, Solibacterales, Rubrobacterales, Chitinophagales, Sneathellales, Micromonosporales, Parachlamydiales, Caldilineales, Thermomicrobiales, Limnochordales, Chthoniobacterales, Jiangellales, Streptosporangialles, Thermoanaerobacterales, Kordiimonadales, Acidiferrobacterales, Nakamurellales, Solirubrobacterales, Dehalococcoidales, Endomicrobiales, Holophagales, Ardenticatenales, Nostocales, Gloebacterales, Parvularculales, Pelagibacteriales, Natranaerobiales, Desulfarculales, Syntrophobacterales, Synechococcales, Geodermatophilales, Methylacidophilales, Kiloniellales, Hydrogenophilales, Nitriliruptorales, Balneolales, Ktedonobacterales, Salinisphaerales, Chloroflexales, Ferrovales, Orbales, Nitriruptorales, Fimbrimonadales, Oligosphaerales, Nitrospirales, Neviskiales, Entomoplasmatales, Acanthopleuribacterales, Pleurocapsales Longimicrobiales.
Families present in all subjects Families not present in all subjects
Actinomycetaceae, Bifidobacteriaceae, Corynebacteriaceae, Microbacteriaceae, Micrococcaceae, Streptomycetaceae, Atopobiaceae, Coriobacteriaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Rickenellaceae, Flavobacteriaceae, Bacillaceae, Staphylococcaceae, Aerococcaceae, Carnobacteriaceae, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Streptococcaceae, Christencenellaceae, Clostridiaceae, Clostridiales Family XIII Incertae Sedis, Lachnospiraceae, Peptococcaceae, Peptostreptococcaceae, Ruminococcaceae, Erysipelotrichaceae, Selenomonadaceae, Veillonellaceae, Peptoniphilaceae, Fusobacteriaceae, Methylobacteriaceae, Rhodobacteraceae, Neisseriaceae, Campylobacteraceae, Succinivibrionaceae, Enterobacteriaceae, Pasteurellaceae, Vibrionaceae, Akkermansiaceae Solibacteraceae, Gordoniaceae, Dietziaceae, Nocardiaceae, Brevibacteriaceae, Dermacoccaceae, Dermatophilaceae, Intrasporangiaceae, Nocardioidaceae, Propionibacteriaceae, Pseudonocardiaceae, Eggerthellaceae, Dysgomonadaceae, Lentimicrobiaceae, Muribaculaceae, Odoribacteraceae, Paludibacteraceae, Prolixibacteraceae, Porphyromonadaceae, Tannerellaceae, Cytophagaceae, Microscillaceae, Calditrichaceae, anaerolineaceae, Deinococcaceae, Saprospiraceae, Alicyclobacilaceae, Planococcaceae, Leuconostocaceae, Caldicoprobacteraceae, Eubacteriaceae, Oscillosporaceae, Syntrophomonadaceae, Acidaminococcaceae, Leptotrichiaceae, Caulobacteraceae, Hyphomonadaceae, Erythrobacteraceae, Sphingomonadaceae, Burkholderiaceae, Comamonadaceae, Suttarellaceae, Nitrosomonadaceae, Bradymonadaceae, Desulfobulbaceae, Desulfovibrionaceae, Helicobacteraceae, aeromonadaceae, Shewanellaceae, Arenicellaceae, Cardiobacteriaceae, Helieaceae, Spongibacteraceae, Chromatiaceae, Erwiniaceae, Morganellaceae, Pectobacteriaceae, Yersiniaceae, Immundisolibacteraceae, Coxiellaceae, Alcanivoraceae, Endozoicomonaceae, Halomonadaceae, Oceanospirillaceae, Thiotrichaceae, Xanthomonadaceae, Oligoflexaceae, Mariprofundaceae, Spirochaetaceae, Synergiataceae, Mycoplasmataceae, Fabaceae, Acidimicrobiaceae, Mycobacteriaceae, Sphingobacteriaceae, Sporichthyaceae, Kineosporiaceae, Bogoriellaceae, Dermabacteraceae, Microcystaceae, Deferribacteraceae, Elusimicrobiaceae, Fibrobacteraceae, Defluvitaleaceae, Thermoactinomycetaceae, Sporomusaceae, Gemmatimonadaceae, Acidithiobacillaceae, Candidatus Paracaedibacteraceae, Hyphomicrobiaceae, Acetobacteraceae, Geminicoccaceae, Rickettsiaceae, Oxalobacteraceae, Thiobacillaceae, Azonexaceae, Rhodocyclaceae, Zoogloeaceae, Desulfomicrobiaceae, Desulfuromonadaceae, Geobacteraceae, Alteromonadaceae, Moritellaceae, Porticoccaceae, Halothiobacillaceae, Hafniaceae, Legionellaceae, Methylococcaceae, Bactriovoracaceae, Bdellovibrionaceae, Brachyspiraceae, Anaeroplasmataceae, Opitutaceae, Puniceicoccaceae, Frankiaceae, Promicromonosporaceae, Listeriaceae, Paenibacillaceae, Sporolactobacillaceae, Halanaerobiaceae, Halobacteroidaceae, Ignavibacteriaceae, Magnetococcaceae, Chromobacteriaceae, Desulfobacteriaceae, Sandaracinaceae, Williamsiaceae, Gemmataceae, Rhodospirillaceae, Kofleriaceae, Pseudoalteromonadaceae, Microbulbiferaceae, Hanellaceae, Saccharospirillaceae, Rhodoanobacteraceae, Bryobacteraceae, Beijerinckiaceae, Sneathiellaceae, Haloplasmataceae,Tsukamurellaceae, Micromonosporaceae, Barnesiellaceae, Cyclobacteraceae, Parachlamydiaceae, Caldiliniaceae, Aurantimonadaceae, Rhizobiaceae, Ectothiorhodospiraceae, Jiangellaceae, Cellumonadaceae, Rubrobacteraceae, Chitinophagaceae,
Bradyrhizobiaceae, Brucellaceae, Cellvibrionaceae, Nakamurellaceae, Segniliparaceae, Amoebophilaceae, Cryomorphaceae, Endomicrobiaceae, Pasteuriaceae, Clostridiales Family XVIII Incertae Sedis, Gracilibacteraceae, Thermodesulfobiaceae, Isophaeraceae, Planctomycetaceae, Anaplasmataceae, Candidatus Midichloriaceae, Methylophilaceae, Polyangiaceae, Oleiphilaceae, Leptospiraceae, Verrucomicrobiaceae, Holophagaceae, Crocinitomicaceae, Gottschalkiaceae, Victivallaceae, Parvularculaceae, Alcaligenaceae, Competibacteraceae, Psychromonadaceae, Woeseiaceae, Acholeplasmataceae, Sanguibacteraceae, Thermoanaerobacterales Family III Incertae Sedis, Desulfarculaceae, Geodermatophilaceae, Natramaerobiaceae, Liminochordaceae,Anaeromyxobacteraceae, Hymenobacteraceae, Trueperaceae, Archangiaceae, Rubritaleaceae, Idiomarinaceae, Hydrogenophilaceae, Nitriliruptoraceae, Flammeovirgaceae, Ichthyobacteriaceae, Proteinivoraceae, Rhodobiaceae, Xanthobacteraceae, Chlamydiaceae, Orbaceae, Blattabacteriaceae, Nitrospiraceae, Chthoniobacteraceae, Cohaesibacteraceae, Acanthopleuribacteraceae, Parviterribacteraceae, Xenococcaceae, Longimicrobiaceae, Galiionellaceae, Syntrophaceae, Thorselliaceae, Beutenbergiaceae, Thermoanaerobacterales, Family IV Incertae Sedis, Phyllobacteriaceae, Sterolibacteriaceae, Ferrimonadaceae.