Table 2 SNP profiles for S. Tennessee strains

1

Subtype1

C

A

G

G

T

G

C

C

G

C

G

Subtype2

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype3

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype4

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype5

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

2

Subtype6

•

C

•

•

C

A

•

•

•

T

•

3

Subtype7

•

C

•

•

C

•

•

T

•

T

•

4

Subtype8

T

C

A

A

C

A

T

T

•

T

C

Subtype9

T

C

A

A

C

A

T

T

A

T

C

Types^a

S

S

N

S

S

N

S

S

N

S

S

Minimal set of SNPs^b

*

*

*

1

Subtype1

142

G

A

A

A

G

T

A

T

G

G

A

Subtype2

8

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype3

9

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype4

10

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype5

1

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

2

Subtype6

2

•

G

•

G

•

C

•

•

•

•

C

3

Subtype7

1

•

G

•

G

•

C

•

C

•

•

C

4

Subtype8

1

A

G

G

G

A

C

C

C

A

A

C

Subtype9

2

A

G

G

G

A

C

C

C

A

A

C

Types^a

N

S

S

S

S

S

N

S

S

S

N

Minimal set of SNPs^b

*

*

1

Subtype1

142

T

A

T

T

T

C

G

A

C

T

T

C

Subtype2

8

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype3

9

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype4

10

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype5

1

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

2

Subtype6

2

C

•

C

•

•

A

•

G

•

C

C

•

3

Subtype7

1

C

•

•

•

C

A

•

G

•

C

C

•

4

Subtype8

1

C

G

C

C

C

A

A

G

T

C

C

A

Subtype9

2

C

G

C

C

C

A

A

G

T

C

C

A

Types^a

S

S

S

N

S

S

N

S

S

S

N

S

Minimal set of SNPs^b

*

1

Subtype1

142

C

G

C

G

A

C

A

T

T

T

T

Subtype2

8

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype3

9

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype4

10

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype5

1

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

2

Subtype6

2

T

A

•

•

•

•

G

C

C

•

C

3

Subtype7

1

•

A

•

•

•

•

G

•

C

C

C

4

Subtype8

1

T

A

T

A

T

T

G

C

C

C

C

Subtype9

2

T

A

T

A

T

T

G

C

C

C

C

Types^a

S

S

N

S

S

N

N

S

N

S

S

Minimal set of SNPs^b

*

*

*

1

Subtype1

142

T

C

C

A

A

G

C

A

A

A

G

Subtype2

8

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype3

9

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype4

10

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype5

1

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

2

Subtype6

2

C

•

•

G

G

A

•

•

G

•

•

3

Subtype7

1

C

•

•

G

G

A

•

•

G

G

A

4

Subtype8

1

C

T

T

G

G

A

T

G

G

G

A

Subtype9

2

C

T

T

G

G

A

T

G

G

G

A

Types^a

S

N

N

S

S

S

S

S

N

N

S

Minimal set of SNPs^b

*

1

Subtype1

142

C

C

A

A

T

G

C

C

G

T

G

Subtype2

8

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype3

9

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype4

10

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype5

1

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

2

Subtype6

2

•

•

G

G

•

•

•

•

A

C

•

3

Subtype7

1

•

•

G

G

•

•

•

•

A

•

•

4

Subtype8

1

G

T

G

G

C

•

T

T

A

C

A

Subtype9

2

G

T

G

G

C

T

T

T

A

C

A

Types^a

N

S

S

N

S

N

S

S

S

S

N

Minimal set of SNPs^b

*

*

*

1

Subtype1

142

A

G

C

G

T

T

A

G

C

G

C

Subtype2

8

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype3

9

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype4

10

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

Subtype5

1

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

•

2

Subtype6

2

G

•

•

A

C

C

•

•

•

•

T

3

Subtype7

1

•

•

•

A

C

C

G

A

•

•

•

4

Subtype8

1

G

A

T

A

C

C

G

A

T

A

T

Subtype9

2

G

A

T

A

C

C

G

A

T

A

T

Types^a

S

S

N

N

S

S

N

S

N

S

S

Minimal set of SNPs^b

*

1

Subtype1

142

C

C

C

C

G

T

Subtype2

8

•

•

A

•

•

•

Subtype3

9

•

•

•

•

C

•

Subtype4

10

•

•

•

T

•

•

Subtype5

1

•

•

A

•

•

A

2

Subtype6

2

•

•

•

•

•

•

3

Subtype7

1

T

•

•

•

•

•

4

Subtype8

1

T

T

•

•

•

•

Subtype9

2

T

T

•

•

•

•

Types^a

S

S

S

S

N

N

Minimal set of SNPs^b

*

*

*

*