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Table 3 Antibiotic resistance phenotypes and their associated resistance genes among cattle, humans and food STEC isolates in this study

From: Prevalence, antimicrobial resistance, and genotyping of Shiga toxin-producing Escherichia coli in foods of cattle origin, diarrheic cattle, and diarrheic humans in Egypt

Ser Source No Carbapenems resistance β-Lactams resistance Other antibiotics resistance MARi
Phenotype Genotype Phenotype Genotype Phenotype
IMP MEM blaVIM blaNDM AMP KZ CTX CAZ blaTEM blaCTX blaOXA NA CIP S K CN TE C SXT
O26 Cattle 2  +   +     +   +   +   +     +     +   +     +   +   +  0.86
Humans 1  +   +   +   +   +   +     +   +   +   +     +     +  0.86
Humans 1  +   +     +   +   +   +       +     +   +   +     +    0.79
Cattle 1       +   +   +   +     +   +   +      +   +    0.64
Milk 1       +   +         +     +   +   +   +     +  0.57
Cattle 1       +   +   +   +     +   +   +      +     0.57
Cattle 1       +   +   +   +     +     +   +     +     0.57
Milk 1  +   +     +   +         +     +   +       +  0.57
Humans 1
Humans 1       +   +           +      +   +    0.36
Cattle 1                +      +   +    0.21
Cattle 1              +          0.07
O111 Humans 1  +   +     +   +   +   +     +   +       +     0.64
Meat 1       +   +   +       +     +   +     +     +  0.57
Humans 1       +          +     +      +     +  0.36
O91 Cattle 1       +          +        +     +  0.29
O103 Humans 1       +   +   +   +       +        +     0.43
Milk 1              +     +        0.14
O113 Cattle 1       +   +   +       +     +      +   +   +  0.57
Total No 20 7 7 7 1 17 15 11 9 15 10 1 18 4 16 9 2 15 7 10  
% 57.1 20 20 20 2.9 48.6 42.9 31.4 25.7 42.9 28.6 2.9 51.4 11.4 45.7 25.7 5.7 42.9 20 28.6
  1. Isolates with no detected antibiotic resistance: O26 [2 cattle and 3 food isolates]; O111 [2 humans and 1 food isolates]; O91 [2 food and 1 humans isolates]; O128 [3 food and 1 cattle isolates]; Ser.: Serovar; No.: number of isolates; IMP: imipenem (IMP 10 µg); MEM: meropenem (MEM 10 µg); AMP: ampicillin (AMP 10 µg); KZ: cephazolin (KZ 30 µg); CAZ: ceftazidime (CAZ 30 µg); CTX: cefotaxime (CTX 30 µg); NA: Nalidixic acid (NA 30 µg); CIP: ciprofloxacin (CIP 5 µg); S: streptomycin (S 10 µg); K: kanamycin (K 30 µg); CN: gentamicin (CN 10 µg); TE: tetracycline (TE 30 µg); C: chloramphenicol (C 30 µg); SXT: sulfamethoxazole/trimethoprim (SXT 25 µg); MARi: multiple antibiotic resistance index; Plus ( +): positive phenotypic resistance; Black dots (): positive detection of antibiotic resistance gene