Table 1 Genetic characteristics and drug resistance profile of Vibrio cholerae O1 strains isolated from Dhaka, 2015–2021
Year of isolation | No. of strains | Serotype | wbeO1 | ace | zot | tcpA | rtxC | ctxA | ctxB type | rstR | hlyA | intSXT | intl1 | Drug resistance profile | Deduced genetic characteristics and AMR profile | MLST type | MLVA type |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2015 | 16 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ND | ND |
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ND | ND | |
3 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET | – | – | NA | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, intSXT–, intl1–,NA | ND | ND | |
2016 | 29 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ND | ND |
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ND | ND | |
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET | – | – | NA | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, intSXT–, intl1–, NA | ND | ND | |
2017 | 32 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ND | ND |
2018 | 2 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | NA, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, intSXT + , intl1–, NA, SXT | ST69 | 1 |
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | NA, SXT | ST69 | 4 | ||
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ST69 | 1 | |
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | ST69 | 2 | ||
1 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA | ST69 | 5 | |
3 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ST69 | 3 | |
4 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | ST69 | 5 | ||
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  |  +  | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB7, intSXT + , intl 1 + , NA, S, SXT | ND | ND | |
3 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT, MEL | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT, MEL | ST69 | 3 | |
2 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT, MEL | ST69 | 5 | ||
1 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  |  +  | NA, S, SXT, MEL | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1 + , NA, S, SXT, MEL | ST69 | 5 | |
1 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  |  +  | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1 + , NA, S, SXT | ST69 | 6 | |
2019 | 5 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ST69 | 5 |
3 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | ST69 | 3 | ||
1 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  |  +  | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1 + , NA, S, SXT | ST69 | 5 | |
1 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  |  +  | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1 + , NA, S, SXT | ND | ND | |
1 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B1 | ET | ET |  +  | – | KF, S, CFM, CRO, NA, SXT, FEP, MEL, CIP, AMP, ATM | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB1, KF, S, CFM, CRO, NA, SXT, FEP, MEL, CIP, AMP, ATM | ST69 | 2 | |
2020 | 31 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ND | ND |
3 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1–, NA, S, SXT | ND | ND | |
2021 | 22 | Inaba |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | AMP, NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Inaba, ctxB7, intSXT + , intl1–, AMP, NA, S, SXT | ND | ND |
1 | Ogawa |  +  |  +  |  +  | ET |  +  |  +  | B7 | ET | ET |  +  | – | AMP, NA, S, SXT | wbeO1 + , ace + , zot + , tcpA(ET), rtxC + , ctxA + , rstR(ET), hlyA(ET), Ogawa, ctxB7, intSXT + , intl1-, AMP, NA, S, SXT | ND | ND |